O Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Evolução (PPGBE) representa um marco na história centenária do MPEG. Até então, a instituição apenas participava como parceira de cursos de Pós-Graduação nas áreas de Biodiversidade (cursos de Botânica e Zoologia), Ciências Humanas (curso de Ciências Sociais), Multidisciplinar (curso de Ciências Ambientais) em associação com a Universidade Federal do Pará e Universidade Federal Rural da Amazônia, ambas sediadas em Belém-PA e participação na REDE BIONORTE de pós graduação, que engloba todos os estados da Amazônia legal.
A iniciativa de criar este programa, que é o primeiro curso de Pós-Graduação concebido e coordenado exclusivamente pelo MPEG, decorre de dois motivos principais:
1) o crescimento, aperfeiçoamento e internacionalização do quadro de pesquisadores e linhas de pesquisa na área de Biodiversidade atualmente presentes na instituição; e
2) a identificação de uma deficiência no sistema de Pós-graduação da região Norte na área de Biodiversidade, que atualmente é dotado quase que exclusivamente de cursos disciplinares nas áreas de Botânica, Zoologia ou Ecologia, mas que ainda carecem de uma visão integrada e focada em processos evolutivos e ecológicos, independentemente do grupo biológico considerado.
É do entendimento da Coordenação de Pesquisa e Pós-Graduação (CPPG) da instituição e dos pesquisadores do MPEG envolvidos com o Programa, que essa compartimentalização implica em programas de pesquisas de cunho mais restrito e cujos produtos científicos (artigos, dissertações, teses e relatórios), têm como destino um público igualmente mais restrito. O PPGBE foi criado como uma proposta complementar e mais integradora e que busca proporcionar um salto no nível do conhecimento sobre a Biodiversidade de região Amazônica e Neotropical, com um foco em processos evolutivos e ecológicos gerais e que operam em uma grande escala geográfica no nível dos biomas que integram a paisagem brasileira.
O objetivo fundamental é contribuir para a formação de recursos humanos em Pós-Graduação e geração de conhecimentos científicos sintéticos e de ampla aplicação, fundamentais ao fomento de políticas de conservação e uso sustentável dos recursos naturais em um país mega-diverso como o Brasil.
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